يقدم برنامج هندسة النظم درجتين دراسيتين متميزتين: ماجستير العلوم في الهندسة (MSE) وماجستير العلوم (MS). للقبول في برنامج ماجستير العلوم، يجب على المتقدمين الحصول على شهادة صادرة عن برنامج معتمد من قبل هيئة اعتماد الهندسة (EAC) التابعة لـ ABET. سيحصل الطلاب المقبولون دون الحصول على درجة بكالوريوس العلوم من برنامج معتمد من ABET (أو الذين لم يستوفوا جميع متطلبات EAC لاعتماد ABET لتحقيق نتائج الطلاب وامتلاك مهارات كافية في تصميم الرياضيات والعلوم والهندسة على مستوى بكالوريوس العلوم) على درجة ماجستير العلوم المعتمدة إقليميًا. لا يوجد فرق في المنهج الدراسي بين برنامجي ماجستير العلوم (MSE) وماجستير العلوم (MS). يجب إكمال عشر مقررات دراسية خلال خمس سنوات. يتكون المنهج الدراسي من سبع أو ثماني مقررات أساسية ومقررين أو ثلاثة مقررات اختيارية، حسب اختيار مشروع الماجستير أو أطروحة الماجستير. لا يشترط أن تكون المقررات الاختيارية من نفس مجال التخصص. يمكن احتساب درجة واحدة فقط في نطاق C (C+ أو C أو C-) للحصول على درجة الماجستير. تخضع جميع اختيارات الدورات خارج متطلبات برنامج هندسة النظم لموافقة المستشار.
